Давным давно, в незапамятные времена, когда еще не существовало шиноби и даже самого понятия "чакра", мир раздирали постоянные войны, которые учиняли правители стран. Не умеющие решать вопросы дипломатичным путем, феодалы создавали огромные армии и отправляли их на бойню, постоянно воюя друг с другом. Ооцуцуки Кагуя - принцесса одной из стран решила покончить с войной и в этом ей помогла череда обстоятельств. В то время, когда люди бесконечно истребляли друг друга, в мире существовало божество сила которого была непомерно велика и люди поклонялись этому божеству. Впервые за десять тысяч лет это Древо-Бог дало плод, который не должен был достаться человечеству, но Кагуя сорвала этот плод и съела. Получив силу самого Бога, она смогла в одиночку противостоять целым армиям и покончила с войной. Так закончилась первая Великая война и мир вздохнул с облегчением. Но она прекрасно понимала что не сможет жить вечно и рано или поздно война будет развязана вновь. Шли годы и у Кагуи родился сын - Хагоромо. Унаследовав силу матери, он упорно развивал в себе способности владеть чакрой и стал обучать этому других, ведь в последствии он должен был оставить за собой приемников. Тем временем Древо - Бог решил вернуть себе то, что у него украли и создал монстра, который отправился за украденным. Харогомо смог победить зверя, разделив его на 9 хвостатых монстров, а сам, после этого исчез. Много лет прошло с тех времен и теперь чакрой могли владеть множество людей, а о мирном сосуществовании уже никто не задумывался мир раздирали все новые войны и теперь они были ожесточеннее и более кровопролитные чем раньше. Силы шиноби были велики, а их способности были за пределами человеческого понимания и так продолжалось бы до бесконечности, если бы не двое сильнейших шиноби, которые решили положить конец войне.

Учиха Мадара и Хаширама Сенджу заключили союз между своими кланами и создали самый сильный альянс кланов шиноби, собрав его в одном селении и назвав его Конохагакуре но Сато. В это же время остальные решили последовать их примеру и в пяти Великих Странах появились Скрытые Селения шиноби, а после Хаширама поспособствовал заключению мирных договоров между селениями и странами и теперь мир снова успокоился, но на долго ли. Учиха Мадара - лучший друг Хаширамы ушел из селения и только и жаждал чтобы отомстить за свой позор и поражение. Несмотря на уговоры Хаширамы, Мадара решил следовать своему пути и вскоре они сразились вновь. В последний раз. Хаширама одержал победу над Мадарой и теперь миру ничего не угрожало. В честь их поединка были воздвигнуты две огромных статуи, а само место было названо Долиной Завершения.
Прошло много лет и Хаширамы не стало, равно как и его брата. Правда мир сейчас не пылал пламенем войны и феодалы решили действовать скрытно, не привлекая внимания к своим действиям. Шиноби разных селений выполняли приказы своих начальников, а Коноха тем временем процветала. Намикадзе Минато - четвертый Хокаге был самым талантливым шиноби своего времени. Слава о нем была велика и если его не знали лично, то слышали о нем во всех уголках мира. Свободно правя селением скрытым в листве, на пару с Хирузеном Сарутоби, они поддерживали мирные отношения с остальными селениями. К сожалению, наступила Третья Мировая Война шиноби и Минато, уже будучи Хокаге, а также лидером команды, в которой были Какаши, Обито и Рин, отправился на миссию. К сожалению, по стечению обстоятельств, Обито погибает во время задания. Однако, война на этом не закончилась и было еще много жестоких битв. После окончания войны, из учеников Минато остался только Какаши, которому пришлось убить Рин, во время одного из заданий. После окончания войны, Минато сблизился с Узумаки Кушиной, которая носила ребенка Минато, а также была джинчуурики девятихвостого демона лиса. Во время ее родов, на них напал неизвестный человек в маске, который, как выяснилось во время битвы был никем иным, как Учиха Мадарой. Минато смог его победить, а также, ценой своей жизни спасти Коноху от девятихвостого и запечатать его часть в своего сына. Так Узумаки Наруто остался сиротой и стал джинчуурики.
Спустя тринадцать лет имя Наруто знал уже каждый в селении и не потому что он был талантлив или же все помнили о подвиге его родителей, а потому что все знали его как джинчуурики и видели в нем демона, который в свое время убил множество людей. Также Наруто успел отличиться как известный болван и озорник. Теперь он окончил академию, но не получил ранг генин и только свои упорством он мог бы достичь чего то. С этого момента и начинается действие в нашей игре.